PCR udang menjadi salah satu inovasi terkini yang terus dikembangkan untuk menghadapi berbagai ancaman penyakit udang. Sebab, kemunculan penyakit sendiri dapat memberikan dampak merosotnya produktivitas dan kerugian ekonomi yang besar.

Misalnya saja pada tahun 2018, Thailand dan Vietnam menjadi dua negara pengekspor udang terbesar di Asia Tenggara yang mengalami penurunan jumlah ekspor akibat infeksi penyakit Early Mortality Syndrome (EHP).

Oleh karena itu, penting bagi petambak melakukan pengecekan penyakit sejak dini untuk menghindari dampak kerugian yang lebih besar. Salah satunya adalah dengan identifikasi keberadaan materi genetik DNA atau RNA dari virus, bakteri, jamur dan parasit yang menginfeksi udang tanpa menunggu kemunculan dari gejala penyakit dengan uji PCR (Polymerase Chain Reaction).

Baca Juga: Kenali 7 Ciri-Ciri Penyakit AHPND Pada Udang Vaname Sebelum Terlambat

Apa Itu Polymerase Chain Reaction (PCR)?

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah analisa keberadaan dari materi genetik (DNA dan RNA) suatu organisme. Dengan PCR dapat mengidentifikasi keberadaan virus, bakteri, dan parasit mikro yang menjadi penyebab dari penyakit udang walaupun dalam jumlah yang sangat sedikit (10 cetakan virus atau bakteri).

Prinsip kerja PCR adalah memutusan untai ganda DNA dan mentargetkan “spesific region” sesuai dengan target identifikasi dan selanjutnya terjadi penggandaan pada target DNA tersebut sampai pada waktu yang ditentukan. Oleh karena itu, dengan menggunakan PCR, kita dapat menganalisa keberadaan berbagai macam jenis penyakit pada satu jenis sampel yang sama Pada lingkungan budidaya udang, kita dapat menggunakan PCR untuk melihat keberadaan penyakit pada udang, air kolam, lumpur, pakan alami, pakan buatan dan biota liar yang kemungkinan bisa menjadi pembawa untuk penyakit tersebut.

Uji PCR udang biasanya dilakukan di laboratorium dengan menggunakan sampel yang telah disiapkan oleh para petambak. Biasanya, sampel ini dapat berupa udang utuh atau sampel organ berupa kaki renang (pleopod), hemolimfa, atau hepatopankreas, stomach, dan ephitel yang dimasukkan ke dalam alkohol 70-96% selama 24 jam sebelum dikirim.

Manfaat Uji PCR Udang

Uji PCR pada udang menjadi alat penting dalam mendeteksi adanya penyakit seperti IMNV, WSSV, IHHNV, EHP, dan sebagainya. Beberapa manfaat lain dari uji PCR di antaranya:

1. Deteksi Dini Penyakit

Salah satu manfaat utama dari uji PCR pada udang adalah kemampuannya untuk mendeteksi penyakit pada tahap awal infeksi, bahkan sebelum gejala klinis muncul. Hal ini memungkinkan petambak untuk mengambil tindakan pencegahan dan pengendalian lebih awal, mengurangi risiko penyebaran penyakit ke populasi udang di tambak.

2. Keakuratan Tinggi

PCR udang memiliki spesifisitas dan sensitivitas yang tinggi. Ini berarti pengecekan PCR mampu mengidentifikasi secara tepat jenis patogen penyebab penyakit tertentu dalam sampel udang. Hal ini juga membantu dalam menghindari false positif atau negatif yang dapat terjadi.

3. Identifikasi Jenis Patogen

Uji PCR juga dapat membantu mengidentifikasi jenis patogen yang menyebabkan penyakit pada udang. Informasi ini penting untuk merancang strategi pengendalian yang tepat, karena setiap patogen mungkin memerlukan pendekatan yang berbeda untuk pencegahan dan penanganannya.

4. Pemantauan Persebaran Penyakit

Dengan melakukan uji PCR secara berkala pada udang, petambak dapat memantau penyebaran penyakit dengan lebih baik. Hasil uji PCR membantu petambak dalam pengambilan keputusan terkait isolasi dan pengendalian populasi yang terinfeksi untuk mencegah penyebaran penyakit yang lebih luas.

5. Pemilihan Bibit Unggul

Uji PCR juga dapat digunakan pada benur udang untuk mendapatkan bibit unggul yang tahan terhadap penyakit. Dengan melakukan tes PCR ini, petambak dapat memastikan benur yang akan ditebar memiliki resistensi terhadap patogen tertentu, sehingga meningkatkan peluang keberhasilan budidaya.

6. Pemantauan Kesehatan Lingkungan

Kehadiran patogen dalam sampel udang juga dapat memberikan petunjuk tentang kondisi kesehatan lingkungan di sekitar lokasi budidaya. Peningkatan kejadian munculnya penyakit dapat mengindikasikan adanya masalah dalam manajemen lingkungan, misalnya kualitas air yang buruk.

7. Penghematan Biaya

Meskipun uji PCR udang memiliki harga yang lebih mahal dibandingkan metode deteksi lainnya, tetapi deteksi dini dan akurat dapat menghemat biaya jangka panjang dan menghindarkan dari kemungkinan kerugian di masa mendatang.

Baca Juga: Kenali Gejala Penyakit IHHNV Pada Udang Vaname dan Cara Pencegahannya

Types of Shrimp PCR

Terdapat beberapa jenis uji PCR pada udang yang digunakan untuk mendeteksi patogen. Beberapa di antaranya:

1. Conventional PCR (cPCR)

Konvensional PCR adalah jenis PCR paling dasar di mana fragmen DNA target diperbanyak secara eksponensial menggunakan primer spesifik dan enzim DNA polimerase. Hasil akhirnya dapat dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa. cPCR digunakan untuk mendeteksi adanya DNA patogen penyebab penyakit pada udang.

2. Real-time PCR (qPCR)

qPCR adalah metode yang memungkinkan deteksi dan kuantifikasi DNA secara real-time selama reaksi amplifikasi. Teknik ini sangat sensitif dan dapat memberikan hasil dalam waktu nyata. qPCR sering digunakan untuk memantau tingkat infeksi patogen pada populasi untuk mengukur respons imun udang terhadap infeksi.

3. Reverse Transcription PCR (RT-PCR)

RT-PCR digunakan untuk mendeteksi dan mengamplifikasi RNA daripada DNA. Jenis uji PCR udang ini digunakan untuk menguji patogen yang berupa virus RNA. Metode ini melibatkan tahap pembalikan transkripsi (reverse transcription) RNA menjadi cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase sebelum amplifikasi DNA dilakukan.

4. Insulated Isothermal PCR (iiPCR)

Prinsip pendeteksian penyakit udang melalui iiPCR mirip dengan metode PCR lainnya, tetapi metodenya berbeda dalam cara operasinya. Pada iiPCR, perbanyakan gen target terjadi pada suhu yang konstan, berbeda dengan PCR konvensional dan PCR real-time yang melibatkan tiga suhu yang berbeda dalam setiap siklus yang berulang.

Proses iiPCR memerlukan waktu yang lebih singkat dan hasilnya dapat segera diamati secara kualitatif pada layar iiPCR atau PCR Pockit. iiPCR mengindikasikan hasil positif ketika sinyal dari DNA virus dalam sampel melebihi 10 salinan.

5. Digital PCR

Digital PCR memisahkan sampel menjadi banyak komparetmen kecil dan melakukan amplifikasi DNA dalam masing-masing kompartemen secara independen. Uji PCR ini memungkinkan deteksi dan kuantifikasi presisi tunggal molekul target. Digital PCR memiliki sensitivitas tinggi dan cocok untuk sampel dan konsentrasi target yang sangat rendah.

Baca Juga: Bagaimana Cara Mencegah Persebaran Penyakit di Tambak

Dapatkan Uji PCR Udang di AquaCheck!

Uji PCR udang memiliki peranan penting dalam budidaya. Terutama dalam hal pendeteksian penyakit sejak dini agar budidaya yang Anda lakukan tidak mengalami kerugian akibat serangan penyakit.

Untuk Anda yang tengah mencari fasilitas PCR udang, Anda bisa mendapatkannya di AquaCheck!

AquaCheck adalah layanan uji PCR dari DELOS untuk membantu Anda dalam mendeteksi hingga lima patogen sekaligus dengan harga terjangkau melalui sampel benur, udang, lumpur, dan air tambak. Dengan AquaCheck, Anda dapat mencapai hasil budidaya udang yang maksimal.

Hubungi DELOS di contact@delosaqua.com atau submit pertanyaanmu melalui kolom kontak di website kami www.aquacheck.id. Cek kondisi kesehatan udang Anda bersama AquaCheck!